El INIA es el centro de referencia en sanidad vegetal y animal más importante del país, contribuyendo como ente asesor del ejecutivo nacional en cuestiones fitosanitarias.

Estos servicios proveen de recursos tecnológicos a productores, agrotécnicos y público en general en las siguientes áreas: diagnósticos fito y zoo sanitarios, análisis de materias primas, alimentos concentrados, certificación de semillas, control de productos alimenticios, veterinarios y pesqueros así como también análisis de suelos y aguas con fines de fertilidad y planificación del riego.

Para cumplir con estas funciones, el Instituto cuenta con una red de laboratorios especializados, con personal altamente capacitado, diseminados en todo el país y ubicados en los principales centros de producción agrícola.